A poco meno di 200 metri dall'Istituto la Scuola Vela, dotata di Capannone di rimessaggio, ospita tutte le imbarcazioni dell'Istituto: derive classe "420", Flying Dutchman, Optimist, Lance.

Gli allievi dell'Istituto vengono avviati alla pratica della Vela partendo dai primi rudimenti fino alla partecipazione alle attivita' agonistiche regionali e nazionali.

La Scuola Vela e' aperta a tutti gli studenti d'Italia e durante la stagione estiva mette a disposizione la propria struttura e le proprie imbarcazioni a coloro che vogliono apprendere l'arte della vela.

La Lancia dell'Istituto e' "Altair": armata a Vela Latina come i vecchi battelli carlofortini, con equipaggio composto da studenti dell'Istituto, partecipa da anni alle principali regate regionali, fra le quali la Regata di STINTINO (trofeo "Challenger Presidente della Repubblica"), patrocinata dal Presidente della Repubblica Italiana.

Nell'anno 1997 e' risultata vincitrice assoluta fra tutte le classi del trofeo "Challenger Presidente della Repubblica".

Per la classe 420, nell'anno 1997, il Nautico di Carloforte si e' aggiudicato definitivamente il Trofeo dei Nautici d'Italia dopo le vittorie degli anni 1991, 1995, 1996.